MyDogDNA and Akitas

Finally we have some public graphs for Akitas in MyDogDNA! Here is link for that.
As you can see, we still need much more tested dogs to get graphs working better. But you can see some important things even from this information.
Most of the tested Akitas are from different lines and there is some blends tested also. All are quite close to each other genetically, even the blends. But the blends have bigger individual heterozygosity than pure Akitas. My Lemmy boy have 26,1% heterozygosity when median for Akitas is 20,6% (this is the situation at 3.11.2013). So he have the biggest diversity in tested Akitas at the moment. Our grand old man Raj have 21,6% heterozygosity, what is better than the median in the breed. That is quite well considering that his 10. generation COI is 8,6%. He might be also the oldest of tested dogs, so this can explain his amount of heterozygosity. Generation after generation the amount of inbreeding will rise in closed populations, so naturally the older generations tend to have wider genepool. Or he can just be lucky and get different genes from his parents! We are still waiting Paavo's results, so I can't say anything about her.
Genetic relationships graph is not working very well at the moment. I asked about it from Genoscoper (the company who offers MDD test) and they explained to me that the graphs are hard to read for now and we need more tested  dogs to make the graph more clear. At the moment Lemmy is quite close to some AKIHO lined dogs, what is kinda hilarious.
This is just a fast note, school is keeping me very busy but I try to write more analysis from the MDD information in the future. If you are interested about the MDD test, please check out this page http://www.mydogdna.com/

Lemmy's genetic diversity

Raj's genetic diversity

Introduction to the genetic situation of Akitas

Before we can understand the health situation of Akitas, we need to understand basic genetics. Genes make all living organisms, including man, work. I could explain about genes, alleles, and genomes but let's keep this very simple. The health issues of Akitas are mostly autoimmune problems like SA (sebaceous adenitis) and VKH/UDS (Vogt-Koyanagi-Harada disease/uveodermatologic syndrome) and lesser problems including allergies and hypothyroidism. Dogs have over 25,000 different genes, but there is one area in all our genes that makes the immune system work. In humans this is called the MHC area (major histocompatibility complex) and in dogs this is called the DLA area (dog leukocyte antigen). The best example to describe this system when it's working well is a full symphony orchestra with all the different instruments. A good immune system has it all and can play awesome music!

It's very hard to study autoimmune diseases and find a solution. Many studies before and now have shown that it's almost impossible to find one common genetic factor among sick dogs with SA and VKH/UDS. There's no one bad gene that makes these dogs sick; past studies have shown that there are multiple genes behind these diseases. When we narrow genetic diversity, things can go badly wrong and the chance to get bad genes is very high.

In the history of dogs there have been many genetic bottlenecks, starting when dogs separated from wolves and domestication started, over 10 000 years ago. Each of these genetic bottlenecks will take some instruments away from our well-working symphony orchestra, and we're not getting them back. Once you lose these genes, you can't get them back in a closed population. Let's think about Akitas. We could say our first genetic bottleneck was after World War II when the Japanese started to rebuild the breed with the few Akitas left after the war. Let's say then we lost the brass section of our orchestra by the genetic bottleneck. Closing the registry and making Akitas an official breed also made us lose some parts of our orchestra and stopped the process where we could get new genetic material from different populations.

The next biggest bottleneck came when the Japanese established the breed. In making the type stable, they chose only three colors from all they used to have (look at American Akitas and you see the color range). This was when we lost the woodwind section from our genetic symphony orchestra. We can already hear that the music this orchestra makes is not right, but we can still hear and recognize the new music, though it is not so marvelous as it used to be.

Now we move to the golden 90s, where it was natural to use only popular show-winning sires for breeding. This effect can be seen in every Japanese Akita pedigree when you see ten or more generations. With Akitas this popular sire was Ise Unryu No Ise Meiwa Kensha, who is now behind all Japanese Akitas. In most pedigrees this dog can be found several times. The use of popular sires makes us lose the string section of the glorious symphony orchestra. Now we can clearly see that things are not working, and we are losing other orchestra sections one by one and never getting them back. The music is not great anymore: you can still tell which song they are playing, but the power and glory are gone and the orchestra struggles to play. This is the genetic situation with Akitas and many other breeds at the moment.

Many people think you should see clear signs of inbreeding, like this funny banjo-playing dog, or like more dead, seriously ill, or retarded dogs. But inbreeding is not like that: the signs are smaller, like more allergies, more autoimmune issues, and more breeding problems. All this comes because we are losing genetic diversity and our immune system orchestra is not working right.

So what can we do now? We can't get the lost genes back in a closed population. We can try to find lines that have been lost and not used that much, but the fact is these problems are old problems. Early Akita breeders in the USA remember these same problems from the start, and lines didn't matter. Because these health problems can be found in both Akita breeds, we can say the problem started at an early stage of the breed's history, and we surely have not made the situation better. But does this mean the breed is dying? Most likely not, but the health situation will only get worse with closed population breeding. We can try to monitor the genetic situation with gene testing and try to keep all the instruments playing in our orchestra, but that won't let it play the marvelous music again.

The solution to this problem is very simple: we need to outcross. This means we need to crossbreed the Akita to another breed or breeds to get more genetic diversity--more instruments to play in the orchestra of the immune system. Crossbreeding is the only way to get it all done, because you can’t get new genetic material after the breed register is closed. It's a scientific fact that in time all closed populations start to show signs of inbreeding depression (e.g., autoimmune and breeding problems). This happens not only with domesticated animals but can be seen in nature with wild animals, too.

If we want to keep this breed alive and healthy, we need to be creative with solutions. We need to rebuild the breed genetically and continue to breed with close monitoring of genes (We can’t do just random crosses..). Luckily these days we have good tools for that with gene testing and health tests. One of the biggest factors is that breeders need to be open about health issues and not hide them. It is always better to know the problems before you make your breeding choices than to find out afterwards.   

This text was inspired by my conversation with Dr Niels Pedersen at the University of California, Davis. Big thanks to him for taking the time to talk with us Akita fanciers!

This article have also been published in Akita Unleashed and in German 

Kuulumisia pitkästä aikaa!

Kesä on mennyt vauhdikkaasti eteenpäin, kun aika on mennyt kulkiessa työharjoittelussa MTT Maaningalla. On tuota toki muutakin tullut tehtyä kuin vain töissä käytyä! Kesäkuussa tuli piipahdettua toisella puolella maapalloa San Franciscossa (tai tarkemmin sanottuna oleskelin Richmondin puolella, mutta kuitenkin!). Kävin vierailemassa hyvän ystäväni Linda Wrothin luona, jolla on takana pitkä historia akita rescuen kanssa Yhdysvalloissa. Linda on myös tehnyt paljon töitä akitojen erilaisten geenitutkimuksien ja terveyden parantamisen eteen. Voi siis vain kuvitella kuinka mielenkiintoinen vierailuni oli! Päivät meni koirista puhuessa ja historiaa läpi käydessä. Tapasin myös Susan Duncanin, joka on todella pitkän uran tehnyt akitakasvattaja, ensimmäinen akita Susanin perheeseen tuli heidän Japanissa asuessaan 60-luvulla. Lounaalle Susan toikin mukanaan matkalaukullisen valokuvia katseltavaksi .  Reissun päätarkoitus oli kuitenkin vierailla UC Davisissa ja tavata tohtori Niels Pedersen. Yllättäen puheenaiheena oli akitat ja niiden terveydentilanne. Tästä tulee hyvin pian ihan erillistä artikkelia lontooksi kirjoitettuna.

Legendaarinen Golden Gate

Tänä kesänä saatiin myös rakennettua koiralapsille ulkotarhakin, niin ei aika tule pitkäksi minun töissä käydessä. Tarha on rakennettu vanhan tallin yhteyteen, mihin pääsevät myös sisälle todella viileisiin oltaviin halutessaan. Luonnollisesti prinsessa Paavolle on siellä myös oma sänky, kun ei sitä voi matolla tai koiranpedillä nukkua. Pyh. Tarhan tärkeys tuli esille varsin hyvin kun mökkeilemässä olimme koko perhe kaikkine koirinemme. Eihän niitä ollutkaan täällä silloin kuin kuusi kappaletta! Rotuina brasilianterrieri, dogo argentino, petit basset griffon vendeen ja sitten nuo akitakset.

Tarha vielä rakennusvaiheessa

Nakupelle Paavo nauttii uudesta lukaalistaan

Viikko takaperin myös järjestettii n täällä meillä Akita ry:n SawoPäivät akitaharrastajille, missä teemana oli verijälki. Koirat menivät jäljellä todella hyvin, vaikka kuuma oli keli! Seura oli myös mitä mainiointa ja keskustelun aiheita riitti laidasta laitaan, myös koirajuttujen ulkopuolelle (uskokaa tai älkää..). Keräsin myös kaikki akitoihin liittyvät tavarat ja kirjat isolle pöydälle esille ja rehellisesti sanottuna yllätyin siitä määrästä tavaraa mitä olen vuosien mittaan itselleni kerännyt. Paljon kyllä tuli mukana ihan viime reissulta Yhdysvaltoihin ja lisää sieltä on tulossa ainakin lehtien muodossa. Suosittelen jokaiselle akitan omistajalle ja sellaisen hankintaa suunnittelevalle lukemaan Akita World lehtiä ja jos niitä ei mistään käsiin saa niin Loren Eglandin (Northland Akitas) kotisivuilta tätä historiatietoa löytyy todella paljon kuvien kera http://www.northlandakitas.com/  

Oikein hyvää loppukesää kaikille!!

And same in Enlighs.. or atleast the main points! 

I have had really busy summer while doing my internship at research farm in Maaninka. Though I have not been working for whole summer. At June I went to visit my dear friend Linda Wroth to San Francisco and I must say it was one of the best trips I have ever made. Linda have long history with Akitas so you can guess how we spend our time! I also met Susan Duncan on my trip and really enjoyed meeting her! Susan took suitcase full of pictures to our lunch. So much information and knowledge about the Akita history. My main focus on that trip was to meet Dr Niels Pedersen and talk about situation with Akitas. There is coming bigger article about this later in English. 

Foggy trees up in the hills in Berkeley 

In this summer we also build the new kennel area for the dogs, so they can spend their time outside while I'm working. Not so boring for them! It came out nicely and Paavo and Lemmy have been enjoying it. 

Week ago we also had Akita meeting in my house and it all went really well. We did some blood tracking with the dogs and all of them did really well! I also made table for all my Akita things and I noticed that I have collected so much stuff! Well most of it came with me from the US visits. I recommend Akita World magazines to all Akita people, there is so much good information. If you can't get the magazines, go visit Loren Egland's webpage (Northland Akitas) http://www.northlandakitas.com/

I hope you all have really nice summer!!  

Lemmy's relatives at USA

Here is some of Lemmy's close relatives. Going to add more of them in the future! :)

Father - "Smoke" J&G's Reign of Fire

 http://www.baycrestakitas.com/chsmoke.cfm

Mother - "Melody" Sondaisa's Waer Ur Holster With Style
(Mel was shedding when I was visiting so no pose picture about her :D )
http://media.breeders.net/breeder_images_large/1/14/143/143595_1319812067.jpg

Other relatives
Kingdomhouse Mercury Rising - Nike http://kingdomhouseakitas.shutterfly.com/nike

Baycrest's Life's A Beach - Piper http://kingdomhouseakitas.shutterfly.com/piper

You Too's Promised Land - Sadie http://kingdomhouseakitas.shutterfly.com/pictures            

Monumental's AkeyTa The Future – Keeper http://baycrestakitas.com/chkeeper.cfm

Sondaisa's Fyre When Ready  – Holster http://www.westminsterkennelclub.org/2013/photos/breed/WS31417701.jpg

Father's sister – Lil http://www.baycrestakitas.com/lil.cfm

Father's sister – Swirl http://kingdomhouseakitas.shutterfly.com/swirl           

Father's sister – Fiji http://kingdomhouseakitas.shutterfly.com/fiji

Great uncle - Titan http://www.baycrestakitas.com/chtitan.cfm

And let's not forget Lemmy's worldwide famous great uncle, Forrest. He played old Hachiko in the movie http://www.imdb.com/media/rm3723134208/tt1028532

More mother's relatives you can find at http://www.sondaisakitas.com/

Narttujen jalostusikä

Taannoinen keskustelu jalostuskoirien alhaisesta iästä sai minut pohtimaan akitojen jalostuskäyttöä nykypäivänä. Tilanne ei kovinkaan mairittelevalta näytä jos koirien ikäjakaumaa katsoo. Keskityn tässä lähinnä narttujen ikäjakaumaan, koska narttujen jalostuskäytön suositusikä on ollut kaksi vuotta.

Vuosi 2009

Vuonna 2009 rekisteröitiin 6 pentuetta. Jalostuskäytössä oli 6 narttua ja 5 urosta.

Nartuista kolme oli alle kaksi vuotiaita pentujen syntymän hetkellä. Kaikki nartut vuonna 2009 olivat ensisynnyttäjiä. Vanhin jalostukseen käytetty narttu oli 2 vuotta ja 6 kuukautta vanha. Jalostuskäytön keski-ikä oli nartuilla 1 vuosi 11 kuukautta.

Vuosi 2010

Vuonna 2010 rekisteröitiin  13 pentuetta. Jalostuskäytössä oli 13 narttua ja 8 urosta.

Nartuista kolme oli alle kaksi vuotiaita ja yhdellä vanhemmalla nartulla kyseessä oli toinen pentue (ensimmäisen syntymän aikaan narttu oli alle kaksi vuotias). Loput nartuista on ollut joko juuri kaksi vuotta täyttäneitä tai reilusti yli kahden vuoden iän.  Vanhin jalostukseen käytetty narttu oli 7 vuotta ja 2 kuukautta vanha pentujen syntymän hetkellä (kolmas pentue). Narttujen keskimääräinen jalostuskäytön ikä on ollut 2 vuotta ja 7 kuukautta.

Vuosi 2011                   

Vuonna 2011 rekisteröitiin myös 13 pentuetta. Jalostuskäytössä 12 narttua ja 8 urosta. Täytyy huomioida, että yhdelle nartulle tehtiin kaksoisastutus tänä vuonna.

Nartuista kolme oli alle kaksi vuotiaita ja kolmella vanhammalla nartulla kyseessä oli toinen tai kolmas pentue (ensimmäisen syntymän aikaan narttu ollut alle kaksi vuotias). Kaikki edellä mainituista nartuista olivat kuitenkin alle neljä vuotiaita toisen tai kolmannen pentueensa syntymän hetkellä. Vanhin jalostukseen käytetty narttu oli iältään 5 vuotta ja 2 kuukautta pentujen syntymähetkellä (ensisynnytys). Vuonna 2011 narttujen jalostuskäytön keski-ikä oli 2 vuotta 8 kuukautta.

Vuosi 2012

Vuonna 2012 rekisteröitiin 9 pentuetta. Jalostukseen käytettiin 9 narttua ja 7 urosta.

Nartuista neljä oli pentujen syntymähetkellä alle kaksi vuotiaita ja kahdellä noin kolme vuotiaalla nartulla oli aikaisempi pentue, joiden syntymän hetkellä nartut olivat olleet alle kaksi vuotiaita. Vanhin jalostukseen käytetty narttu oli 3 vuotta 9 kuukautta (4 pentuetta, kaksoisastutus).  Jalostukseen käytettyjen narttujen keski-ikä oli 2 vuotta ja 3 kuukautta. 

Jokainen voi tehdä tästä omat johtopäätöksensenä sen suhteen mihin suuntaan olemme menossa. Akitoille ehdotettiin vuonna 2012 PEVISAan lisättäväksi kohta, missä jalostuskäytön iäksi koirille laitettaisiin 2 vuotta. Ehdotus kumottiin rotuyhdistyksen vuosikokouksessa tarpeettomana.

Kennelliiton 1.1.2013 voimaan tulleessa jalostusstrategian tavoiteohjelmassa sanotaan seuraavaa:         

” Jalostukseen käytettävän koiran suositellaan olevan iältään vähintään 2-vuotias, mielellään tätä vanhempi, jotta sen ja lähisukulaisten ominaisuuksista saadaan mahdollisimman varmaa tietoa jalostusta varten.”

Akitoilla kahden vuoden jalostusikää voidaan suositellaan myös, koska on todettu SA:n ensioireiden ilmenevän keskimääräisesti noin kaksi vuotiailla koirilla. 

Happy birthday Raj!!

Our grand old man is now thirteen years old!! 

Long live Raj!